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转移性前列腺癌生物信息学分析PDF下载[PDF]

作者:李强 王喻 黄东红 余刚  陈桂芳

单位:中山火炬开发区医院泌尿外科 中山大学附属第三医院泌尿外科

关键词:前列腺癌; 转移; 公共数据库; 生物信息学分析; 免疫组织化学;

分类号:

出版年,卷(期),页码:2019,25 (14):2879-2885

摘要:

目的利用生物信息学方法分析前列腺癌基因表达谱芯片及测序数据,筛选前列腺癌差异表达基因及其转移相关的基因。方法前列腺癌转移相关数据取自基因芯片公共数据库(GSE6919),前列腺癌及正常组织数据取自癌症基因组图谱数据库(TCGA)。利用R语言、SRTING、Cytoscape等软件对两个数据集进行组间差异分析、基因模块聚类分析和富集分析等。结果 TCGA数据集中差异基因共3 336个(上调1 161个,下调2 175个),GSE6919数据集中差异表达基因共758个(上调370个,下调388个),取交集后得到基因206个。对206个基因分别进行相关性分析并取交集,最终得到14个基因(MYLK、ACTA2、MYH11、TPM1、LMOD1、CALD1、FLNA、RND3、PPP1R12B、KCNMB1、CHRDL1、CSRP1、SPARCL1、SYNM)。对这14个基因进行富集分析,发现其主要富集到血管平滑肌收缩、局部黏着、Apelin信号通路、催产素信号通路、环鸟苷酸蛋白激酶G信号通路中,蛋白互作网络分析发现10个基因间存在相互作用,并且MYH11、MYLK和ACTA2是其中的关键基因。前列腺增生组、局限性前列腺癌组、转移性前列腺癌组的免疫组织化学染色评分分别为(7. 43±0. 49)分、(4. 85±0. 22)分、(2. 66±0. 27)分,各组比较差异有统计学意义(P <0. 01)。Gleason评分≥7分的患者ACTA2低表达率高于Gleason评分<7分的患者(P <0. 05);转移性前列腺癌患者ACTA2低表达率高于局限性前列腺癌患者(P <0. 05)。结论前列腺癌的发生、发展存在复杂的调控网络,生物信息学分析可以从中筛选出有效信息,为进一步研究前列腺癌分子机制提供思路和理论基础。

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